彩色显微镜系统的设计人员面临的各类挑战取决于目标应用。对于很多数码显微镜系统来说，颜色信息的捕获和分析对于应用目标的实现至关重要。因此，在系统里充当“眼睛”的相机，必须能够提供准确的空间和颜色信息，使系统的软件“大脑”发挥其功能。
选择合适的相机技术是创建有效彩色显微镜成像解决方案的关键因素 — 不管是较大型的机器视觉应用，还是较简单的实验室式设备都是如此。作出正确选择的第一步是要决定使用拜耳彩色相机还是三传感器棱镜式相机。您的决策可能会对系统的图像质量产生重大影响。同时，它也会影响成本、尺寸等其他因素，所以认真考虑各个方面因素很重要。
对于颜色要求相对较低的系统，使用配备拜耳彩色滤光片的成像仪的标准单传感器相机（探测器），就可以满足您的需求。拜耳相机使用预定义的模式，通过在像素上放置红色、绿色和蓝色滤光片来捕捉颜色信息。但这也意味着，每个像素仅能提供三种颜色中某一种颜色的真值。要计算任意像素的完整RGB值，软件必须查看相邻像素来估计其他两种颜色的值。这种估算过程（也称为插值）往往容易使颜色变得暗淡，同时也不那么准确。更重要的是，它降低了相机的有效分辨率，使微小细节变得不那么清晰，并可能受到某些类型的色彩伪像的影响，如莫尔条纹和彩色条纹。
如果您的应用对这类问题具有相当高的容忍度，那么拜耳相机可以提供比棱镜式相机更简单、更经济的解决方案。当然，即使在这些情况下，仍然需要寻找一款高质量的拜耳相机，以确保充分满足显微镜成像的需求。因此，寻找一款低噪音、高敏感度、帧速率合适，并且拥有色彩增强和/或色彩空间转换等特殊功能的拜耳相机非常重要。与领先的显微镜软件包集成也很重要。
幸运的是，拜耳彩色相机近年来有了很大的改进，为系统设计人员提供了许多针对基本彩色显微镜系统的不错选择。特别是基于最先进的CMOS成像仪技术的新款相机，可提供快速帧速率和低噪声彩色图像，能够满足众多应用的需求。
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如果想要打造更先进的彩色显微镜系统，以借助卓越色彩和空间性能为应用增加价值，那么就应该考虑更先进的相机技术。当须检测某种特定颜色的细微阴影，或让微小细节和边缘变得清晰锐利时，拜耳相机浑浊暗淡的色彩和较低的空间精准度可能会造成一些问题。
三传感器棱镜式相机（3-CMOS或3-CCD）采用高级光学棱镜，将入射光分到三个基于光谱波长（红、绿、蓝）的独立传感器。在需要区分细微差异的应用中，与使用内插值来估算RGB值的拜耳相机相比，棱镜式相机能提供更明亮的颜色、更高的精确度和更出色的对比度。这也意味着没有损失分辨率，从而使得棱镜式相机在用于细胞计数应用、半导体检测和许多其他显微镜任务中时，在捕获微小细节方面的性能比拜耳相机强三倍。
而且，三传感器棱镜技术还能提供更高的有效敏感度。这是因为拜耳滤光矩阵实质上会阻挡落在每个像素上的波长的2/3，而棱镜式相机使用了多个传感器，几乎可以捕捉样品发出的100%的光线。棱镜式相机具备较高的整体信噪比，能够在较低的光照强度下产生更好的图像，以减少对精细样品的应力。
在显微镜系统中，当精确的颜色和微小细节是关键区别因素时，棱镜式彩色相机的附加价值对于在市场上取得成功至关重要。
通常，找出正确选择的唯一方法是对两个选项进行全面测试。请务必关注颜色准确度、颜色区分、低光敏度、细节层次，以及任何其他对于应用非常重要的功能。
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